Jarno Trulli da Renault, foi o mais rápido na pré-qualificação em Suzuka. Trulli já havia liderado também o primeiro treino livre. Atrás dele vieram os irmãos Schumacher, com Ralf em segundo e Michael em terceiro. Kimi Raikkonen, que briga pelo títuilo, foi o quinto. Entre os brasileiros, Barrichello foi o sétimo e da Matta o 14º.
Takuma Sato que corre no lugar de Villeneuve, ficou na frente do seu companheiro de equipe.
Confira a tabela completa:
1º Jarno Trulli 1:30.281
2º Ralf Schumacher 1:30.343
3º Michael Schumacher 1:30.464
4º David Coulthard 1:30.482
5º Kimi Raikkonen 1:30.558
6º Fernando Alonso 1:30.624
7º Rubens Barrichello 1:30.758
8º Juan Pablo Montoya 1:31.201
9º Mark Webber 1:31.305
10º Nick Heidfeld 1:31.783
11º Takuma Sato 1:31.832
12º Heinz Harald Frentzen 1:31.892
13º Olivier Panis 1:31.908
14º Cristiano da Matta 1:32.256
15º Justin Wilson 1:32.291
16º Jenson Button 1:32.374
17º Ralph Firman 1:33.057
18º Giancarlo Fisichella 1:33.313
19º Jos Verstappen 1:34.836
20º Nicolas Kiesa 1:36.181