O francês Mike Di Meglio dominou em Sepang ao garantir a pole position na primeira sessão de classificação, que foi marcada pela chuva. O piloto da Kopron Racing World (Honda), que já tinha sido o mais rápido nos primeiros treinos livres, assegurou a pole provisória ao rodar em 2m15,349s.
O piloto da Aprilia, Marco Simoncelli, foi o segundo mais rápido a apenas 0,150s da melhor marca, enquanto o estreante japonês Tomy Koyama foi o terceiro à frente de Mattia Pasini. O colega de equipe de Di Meglio, Fabrizio Lai, foi quinto, seguindo pelo líder do Campeonato Thomas Lüthi.
Gabor Talmacsi foi o melhor classificado entre os pilotos da KTM ao concluir a sessão em sétimo, à frente de Poggiali. Hector Faubel terminou em nono à frente de Mika Kallio.
Pos.| Piloto | Marca | Pais | Tempo | Equipe
1 Mike DI MEGLIO Honda FRA 2’15.349 Kopron Racing World
2 Marco SIMONCELLI Aprilia ITA 2’15.499 Nocable.it Race
3 Tomoyoshi KOYAMA Honda JPN 2’15.712 Ajo Motorsport
4 Mattia PASINI Aprilia ITA 2’15.759 Totti Top Sport – NGS
5 Fabrizio LAI Honda ITA 2’15.770 Kopron Racing World
6 Thomas LUTHI Honda SWI 2’16.046 Elit Grand Prix
7 Gabor TALMACSI Ktm HUN 2’16.113 Red Bull KTM GP125
8 Manuel POGGIALI Gilera RSM 2’16.300 Metis Racing Team
9 Hector FAUBEL Aprilia SPA 2’16.424 Master Aspar
10 Mika KALLIO Ktm FIN 2’16.573 Red Bull KTM GP125
11 Joan OLIVE Aprilia SPA 2’16.793 Nocable.it Race
12 Lorenzo ZANETTI Aprilia ITA 2’16.939 Skilled I.S.P.A. Racing Team
13 Alexis MASBOU Honda FRA 2’16.956 Ajo Motorsport
14 Alvaro BAUTISTA Honda SPA 2’16.981 Seedorf RC3 – Tiempo Holidays
15 Aleix ESPARGARO Honda SPA 2’17.258 Seedorf RC3 – Tiempo Holidays
16 Julian SIMON Ktm SPA 2’17.384 Red Bull KTM GP125
17 Andrea IANNONE Aprilia ITA 2’17.672 Abruzzo Racing Team
18 Lukas PESEK Derbi CZE 2’17.812 Metis Racing Team
19 Sandro CORTESE Honda GER 2’17.870 Kiefer-Bos-Castrol Honda
20 Imre TOTH Aprilia HUN 2’17.876 Team Toth
21 Toshihisa KUZUHARA Honda JPN 2’17.997 Angaia Racing
22 Pablo NIETO Derbi SPA 2’18.274 Caja Madrid – Derbi Racing
23 Manuel HERNANDEZ Aprilia SPA 2’18.374 Totti Top Sport – NGS
24 Raffaele DE Aprilia ROSA 2’18.415 Matteoni Racing
25 Dario GIUSEPPETTI Aprilia GER 2’19.133 Semprucci Blauer USA
26 Sergio GADEA Aprilia SPA 2’19.381 Master Aspar
27 Mateo TUNEZ Aprilia SPA 2’19.460 MVA Aspar
28 Enrique JEREZ Derbi SPA 2’19.676 Caja Madrid – Derbi Racing
29 Jordi CARCHANO Aprilia SPA 2’19.803 MVA Aspar
30 David BONACHE Honda SPA 2’19.851 LG Mobile Ssmracing
31 Federico SANDI Honda ITA 2’20.043 Angaia Racing
32 Vincent BRAILLARD Aprilia SWI 2’20.292 Team Toth
33 Karel ABRAHAM Aprilia CZE 2’20.995 AB Cardion Team
34 Doni Tata PRADITA Yamaha INA 2’22.023 Yamaha Indonesia
35 Sascha HOMMEL Malaguti GER 2’22.680 Malaguti Reparto Corse
36 Wai On CHEUNG Honda CHN 2’23.539 Arie Molenaar Racing
37 Michele PIRRO Malaguti ITA 2’24.005 Malaguti Reparto Corse
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